La terre tremble violemment. Les secousses sont provoquées par l'Empire sous-marin de Mu, un peuple belligérant cherchant à imposer ses règles au-dessus de niveau de la mer. Dans leur croisade, les Muans sont aidés et protégés par leur Dieu Manda, un serpent de mer colossal. Tous les espoirs reposent sur le capitaine Jinguji et son superbe submersible Ataragon pour arrêter les Muans. Bien que le capitaine n'ait dans un premier temps aucun intérêt à entrer dans la bataille contre l'Empire de Mu, les choses changent lorsque celui-ci kidnappe sa fille. L'Ataragon, équipé d'un puissant rayon et de surcroit capable de voler, doit faire face aux armes apocalyptiques de l'Empire de MU pour sauver l'humanité !
