En 2494, après plusieurs siècles de perturbations climatiques ayant obligé la population terrienne à vivre sous terre et ce durant plusieurs générations, la planète qui se réveille petit à petit est toujours sous la menace des Exodus Creators, ces savants à l'origine du cataclysme ayant fui la terre afin d'éviter de subir les conséquences de leurs actes et capables à tout moment de revenir semer la terreur. C'est dans ce climat instable qu'une jeune femme, Hiyoko, une des dernières japonaises encore vivantes, est poussée par son père à quitter la maison familiale pour trouver un compagnon. C'est alors qu'elle rencontre Dune, un jeune garçon aux pouvoirs bien mystérieux, qui semble être bien plus qu'un simple fugitif recherché par les forces spéciales terrestres...
